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苹果手机设置了骚扰拦截，但电话仍然能够打通的原因可能有以下几点。
1、拦截模式设置问题：苹果手机的骚扰拦截功能有多种模式，如只拦截黑名单、只拦截未知号码等，如果设置的拦截模式较为宽松，或者未正确设置拦截规则，那么拦截功能可能无法起到应有的作用。
2、号码识别问题：有些手机在识别号码时可能存在误差，导致一些被误判的号码没有被成功拦截，一些骚扰电话可能会使用不同的号码进行拨打，这也可能导致拦截功能失效。
3、运营商问题：在某些情况下，运营商的某些服务可能会绕过手机的安全设置，使得骚扰电话能够打通。
4、手机系统缓存或软件问题：手机系统缓存过多或存在软件故障也可能导致骚扰拦截功能异常。
针对以上原因，可以尝试以下解决方法：
1、检查并调整骚扰拦截设置，确保已正确设置拦截规则。
2、更新手机系统和相关软件，以确保系统的稳定性和安全性。
3、尝试使用第三方安全软件，如腾讯手机管家等，这些软件通常具备更强大的骚扰拦截功能。
4、若以上方法均无效，建议向运营商咨询，了解是否有可能存在绕过手机安全设置的服务，并寻求解决方案。
虽然设置了骚扰拦截，但仍然有可能受到骚扰电话的干扰，在遇到这种情况时，可以根据上述原因和解决方法进行排查和处理。